Solía obtener errores de MySQL como
tú.
Solucioné mis problemas de esta manera
- Convierte a todas las tablas myisam en InnoDB (puedes buscar
"myisam vs InnoDB" en stackoverflow.com y los motores de búsqueda
para averiguar por qué)
- Para obtener el mejor rendimiento de MySQL, use un programa de
terceros MONyog (MySQL Monitor and Advisor) y compruebe los
consejos de rendimiento
Estos dos pasos me salvaron. Espero que estos también te ayuden
mucho.